Единого ответа на ваш вопрос не существует, так как MongoDB позволяет вам как встраивать, так и ссылаться.Но вот несколько советов: не разбрасывайте коллекции, потому что запрос элементов глубоко внизу может быть трудным, особенно если вы собираетесь использовать списки.
Если вы можете создать прототип, попробуйте сначала встроить коллекции, а затем написать модульный тест, который будет добавлять / удалять / запрашивать проекты и пользователей.Если это сработает, тогда нет необходимости ссылаться на них.