В основном зависит от того, что предоставляет ваш сервер приложений. Например, ваш сервер приложений будет предоставлять такие вещи, как пакеты javax.servlet, поэтому вы не должны включать jar-файлы servlet-api, которые вам необходимы для компиляции. Некоторые серверы приложений будут предоставлять Java-почту Java, поэтому вы не должны включать их. Некоторые серверы приложений не будут, так что вы будете файлы JAR. Надеюсь, это поможет.
Редактировать: если под конкретным приложением вы подразумеваете, что написали их, то они нужны вам на войне.