С JavaDepend вы можете выполнить следующий запрос CQL:
ВЫБРАТЬ ТИПЫ, ГДЕ IsDirectlyUsedBy "myproject"
ВЫБРАТЬ МЕТОДЫ, ГДЕ IsDirectlyUsedBy "myproject"
ВЫБРАТЬ ПОЛЯ, ГДЕ IsDirectlyUsedBy "myproject"
А в CQL есть много других возможностей запрашивать базу кода, например, базу данных.