Почему мой awk однострочный не работает, когда я звоню из Perl?

Question

У меня нет проблем с использованием следующей команды AWK в качестве отдельной команды, без ошибок:

$ awk '$9 != "NTM" && $9 != ""' myfile.txt  | less -Sn

Но когда я применяю их в скрипте Perl для команды qsub (т.е. запуска задания в кластере Linux), например:

use strict;
use Data::Dumper;
use Carp;
use File::Basename;

my $path = "/mypath/"; 
my @files = glob($path."*.txt");

foreach my $file ( @files ) {
print "$file\n";
    wy $base = basename($file,".fc-gn_".$type);
    my $nn = $path.$base.".out";

print "$file $nn\n";

    open PIPE, "| qsub" or die $!; 
    print PIPE <<EOF;
#!/bin/sh 
#PBS -N CLEAN
#PBS -l nodes=1:ppn=2 
#PBS -r n 

awk '$9 != "NTM" && $9 !=""' $file > $nn


EOF

}   

выдал следующую ошибку

awk: cmd. line:1:  != "NTM" &&  !=""
awk: cmd. line:1:  ^ syntax error

Какой правильный способ сделать это?

Answer 1

Помещение символа "\" до того, как все ваши "$9" переменные исправят это. Их анализирует сам Perl.

Следующий скрипт:

print <<EOF;
awk '$9 != "NTM" && $9 !=""' $file > $nn
EOF

выходы:

awk ' != "NTM" &&  !=""'  >

но:

print <<EOF;
awk '\$9 != "NTM" && \$9 !=""' \$file > \$nn
EOF

выходы:

awk '$9 != "NTM" && $9 !=""' $file > $nn

Однако, поскольку вы хотите, чтобы $file и $nn интерпретировались Perl, фактическая строка должна быть:

awk '\$9 != "NTM" && \$9 !=""' $file > $nn

Answer 2

Вы можете использовать решение с обратной косой чертой или сделать его более привлекательным с помощью:

print <<'EOF'

(и без обратной косой черты), также если вам нравится Perl, вы можете попробовать выстрелить в gearman , это действительно круто.