Образец GLPaint уже включает прозрачность.Перейдите на сайт разработчика и загрузите последнюю версию кода.Вы заметите, что это включает в себя смешивание.В любом случае вы можете нарисовать все свои точки на пути линии в виде GL_POINTS цветом, использующим прозрачность, например:
glDisable(GL_DEPTH_TEST);
glLineWidth(10);
glEnable(GL_BLEND);
glBlendFunc(GL_SRC_ALPHA, GL_ONE_MINUS_SRC_ALPHA);
glColor4f(1, 0, 0, .5);
glDrawArrays(GL_LINE_STRIP, 0, vertexCount);