У тебя все хорошо.
for line in sys.stdin.readlines():
будет читать строки из стандартного ввода. Однако его можно сократить до:
for line in sys.stdin:
Я не использую Windows, но чтобы протестировать ваше решение из командной строки, вы должны запустить его следующим образом:
python bilateral.py < input.txt > output.txt
Если я запускаю ваш код выше, я вижу сообщение об ошибке
Traceback (most recent call last):
File "bilateral.py", line 20, in <module>
print listLength
NameError: name 'listLength' is not defined
которая случайно (потому что я полагаю, что вы не отправили это) была ошибкой, обнаруженной пазлом Spotify. Возможно, вы где-то ошиблись в переменной.