Может быть несколько причин, по которым некоторые скрипты работают в одном браузере, но не в другом. Например, у вас могут быть ошибки в вашем скрипте, и FireFox может быть более допускающим ошибки, чем IE. Также вы могли использовать некоторые специфические функции, которые не реализованы в IE и которые прекрасно работают в FireFox.