Если вы добавляете зависимость (к плагину или пакету) во фрагмент, вы также эффективно изменяете путь к классам хост-проекта. Будет ли это причиной каких-либо изменений в семантике хост-проекта или любого другого фрагмента для того же хост-проекта, зависит от конкретного использования в проекте.
Сказав все это, обычный ответ: нет, это не должно вызывать проблем, если у вас нет кода, который зависит от пути к классу - например, если вы используете Class.forName(...) или аналогичный ...
Последнее замечание: при тестировании используйте аргумент -clean в конфигурации запуска, чтобы заставить OSGi принять измененную зависимость. В противном случае оно будет проигнорировано.