Если вы используете Apache commons для подключения к серверу с помощью собственного пользовательского кода, вам необходимо предоставить собственный интерфейс из приложения.
Если вы выполняете ftp-клиент cmd line через свой код, вам все равно нужно будет предоставить собственный интерфейс, а затем читать и записывать запросы / ответы пользователей в него / из него, перенаправляя stdin и stdout.