Как следует из названия, JNDI предоставляет приложениям Java доступ к службам каталогов и имен. Он предназначен для извлечения имен ресурсов из каталога. Java-приложения обычно используют JNDI для поиска источников данных JDBC, почтовых сеансов, а также для аутентификации и авторизации пользователей. Я полагаю, что вы можете сохранить пользовательский объект в каталоге, но это не рекомендуемый способ.
Для локальных файлов вы можете добавить ресурс String с именем и путем к файлу, извлечь его с помощью JNDI и прочитать / записать его стандартными средствами.