Я должен был сделать нечто подобное, и это был первый тест: скрипка Суть в том, что вы устанавливаете максимальные значения для оси в том же соотношении, что и ширина и высота вашего заполнителя div:
options.xaxes[0].max = options.yaxes[0].max * $('#ph').width() / $('#ph').height();
$.plot($('#ph'), data, options);