С конструктором: поместите элемент управления во 2-ю строку и установите для его свойства ColumnSpan значение 2.
В коде:
public Form1() {
InitializeComponent();
var button = new Button();
button.Dock = DockStyle.Fill;
tableLayoutPanel1.Controls.Add(button);
tableLayoutPanel1.SetCellPosition(button, new TableLayoutPanelCellPosition(0, 1));
tableLayoutPanel1.SetColumnSpan(button, 2);
}