Единственный известный мне способ - отредактировать файл csproj. Вы можете создать утилиту, которая поможет вам сделать это.
Быстрый тест, который я сделал, дал следующее.
<Content Include="Test.css" />
После изменения свойств ...
<Content Include="Test.css">
<CopyToOutputDirectory>Always</CopyToOutputDirectory>
</Content>