$userid = 5; // say you fetch it from database
$ext = explode("\/",$_FILES["file"]["type"]); //extract the file extension
move_uploaded_file($_FILES["file"]["tmp_name"], "upload/".$userid.$ext[1]);
ОБНОВЛЕНИЕ: Я думаю, вам не нужно извлекать расширение файла.
move_uploaded_file($_FILES["file"]["tmp_name"], "upload/".$userid);