Плагин - это пакет OSGi, а пакеты OSGi обычно не заботятся о том, используется ли в настоящее время IDE Eclipse для разработки Java или PHP.
Пакеты eclipse могут быть спроектированы так, чтобы вносить вклад в определенные точки расширения, поэтому есть вероятность, что ваш плагин вносит свой вклад в точки расширения JDT, которые не «видны» (плохое слово, надеюсь, вы понимаете, что я имею в виду) из инструментов разработки PHP.
Это может зависеть от некоторых других пакетов, которые недоступны или не были установлены / запущены. Запустите платформу с параметром -command, чтобы получить интерфейс командной строки OSGi и проверить состояние ваших плагинов. (help показывает доступные команды)