Как убедить отладить состояние постоянства контекста, посмотреть результат запросов, отследить все сущности?
Для этого есть какой-нибудь монитор JPA?
Если вы используете EclipseLink, есть опция монитора производительности,
см.,
http://wiki.eclipse.org/EclipseLink/UserGuide/JPA/Advanced_JPA_Development/Performance/Performance_Monitoring_and_Profiling/Performance_Monitoring
Вы также можете настроить ведение журнала,
http://wiki.eclipse.org/EclipseLink/Examples/JPA/Logging