Я бы сказал, что это зависит от вашего текущего приложения.
Zend Lucene может быть хорошей альтернативой, но создание индекса занимает очень много времени, если данных много (и это может убить ваш сервер).
Java Lucene , вероятно, лучший, но требует запуска tomcat.
Sphinx также является хорошей альтернативой, но представляет собой отдельный сервер с PHP API (даже расширением PECL), но имеет некоторый недостаток: он пересоздает индекс каждый раз, когда вам что-то нужно (по крайней мере в прошлый раз я проверял это)
Я думаю, что сначала стоит поэкспериментировать с несколькими решениями.