Если вы можете выяснить, в каком разделе находится эта строка (может быть .comment?), Вы можете использовать
strip -R .comment (or whatever section name)
чтобы удалить этот раздел из двоичного файла.
gcc в Ubuntu 10.10 для x86, похоже, не помещает никаких посторонних строк в двоичные файлы.