setTimeout
возвращает дескриптор, который можно использовать для очистки тайм-аута:
var timer = setTimeout(open_popup, 200);
clearTimeout(timer);
Это, конечно, предполагает, что вы поместили переменную timer
в область, доступную обоим сценариям, и что выочистить тайм-аут, прежде чем он сработает.