Вы читаете строку из файла дважды, прежде чем распечатать его содержимое:
(input = in.readLine())
читает строку из файла и сохраняет ее на входе, затем перед проверкой ввода вы читаете другую строку и сохраняетев строковой переменной:
String line = in.readLine();
Удалите один из вызовов in.readLine()
, и он должен нормально работать.