Что делают многие сайты, так это добавляют параметр URL в URL, указывающий на файл javascript, и меняют его каждый раз, когда файл изменяется.
Примерно так:
<script langauge="javascript" src="myfile.js?ver=1" />
А после изменения:
<script langauge="javascript" src="myfile.js?ver=2" />
Это может быть не удобно, но это наиболее распространенное решение. Некоторые веб-фреймворки автоматизируют этот процесс, поэтому разработчику не нужно вручную увеличивать номер версии.