Хранение в базе данных экземпляров объектов Java, сгенерированных JAXB из развивающейся XML-схемы, не имеет большого смысла, ИМХО.Цель реляционной базы данных - хранить данные в четко определенной реляционной структуре, чтобы их можно было легко запрашивать.
Если все, что вам нужно, это иметь возможность вернуть XML-документ, который вы получили раньше, как есть, просто сохраните его в виде сгустка в какой-то таблице или в файловой системе.
Если действительно требуется структурированное хранение данных в базе данных, сначала спроектируйте схему базы данных, затем спроектируйте классы JDO, необходимые для сопоставления этой схемы базы данных, и реализуйте бизнес-логику, необходимую для преобразования ваших объектов JAXB в объекты JDO по порядку.хранить их в базе данных.
Но я бы подумал о том, какие функции вы хотите реализовать, прежде чем думать о технологиях, которые вы хотите использовать.