Если вы используете cvs поверх ssh, вы можете сделать это двумя способами.
Самый простой способ - просто включить только шифрование с открытым ключом (т.е. отключить пароль).Хотя сертификат больше не управляется центром сертификации.
Другой, хотя и более сложный, подход заключается в использовании поддержки gssapi-с-mic для SSH в Eclipse.Это позволит вам использовать другой механизм (а именно ваши сертификаты) для аутентификации соединения с удаленным сервером.