Извлечение координат из файла PDB

Question

Чтобы извлечь строки Atom из файла PDB, я написал приведенный ниже код, который не показывает никакого выходного файла при запуске программы

print" Enter the file name";

$a=<>;

@arr=split(" ",$a);

if($i=0; $i< scalar @arr; $i++)

foreach $values(@arr)
{

    if($values=~/^ATOM/)
    {
        print FH1 $a;

        open(FH1,">>output.pdb")
    }
}

Answer 1

Нельзя использовать разделение с текстовыми файлами PDB, поскольку поля определяются положением, а не разделителями.См. Описание файла координат (формат PDB) .

Вместо этого следует использовать substr ($line,$start,$len) с различными значениями $start и $len для каждого поля (взяты из Описание координатного файла ) или полагаться на одно из доступныхПарсеры PDB, такие как Bioperl's .