Вы можете добавить материал Google Analytics, как на любом другом веб-сайте, это просто HTML.
однако вы не сможете отслеживать уже установленные приложения clickonce, запрашивающие обновления.
и статистика, предоставленная Google, не даст вам никакой информации о том, как часто было установлено приложение clickonce.