Если вы имеете в виду отправку пароля из формы входа на сервер безопасным способом, то нет ничего лучше, чем SSL. Вы можете попробовать реализовать такую систему, как шифрование с открытым ключом, но я думаю, что было бы проще включить SSL ...
Для хранения паролей просто используйте функцию шифрования, такую как sha1
Если вы имеете в виду аутентификацию пользователей в настольном приложении, вы можете, например, реализовать oauth , что не очень сложно и обеспечивает очень безопасный способ сделать это.