Я не уверен, как это сделать в Рафаэле, но немного CSS может помочь вам:
.your_lines {
shape-rendering: crispEdges;
}
По сути, он отключает сглаживание для линий, и линии, которые не являются горизонтальными или вертикальными, могут выглядеть не очень красиво.
Но, вероятно, вам лучше добавить .5 к координатам линий, потому что браузеры делают то, что им говорят: линия находится на точных координатах, а обводка нарисована по обе стороны от линии, здесь половина пикселя и полпикселя там.