Ну, Saxon можно использовать на любой платформе, где работает Java, а также на Windows с платформой Microsoft .NET. AltovaXML - это инструмент только для Windows.
Что касается различий, если вы хотите встроить процессор XSLT 2.0 в свою собственную программу, тогда Saxon предлагает богатый API, в то время как API AltovaXML ограничен преобразованием ввода в виде строки или файла для вывода в форме строки или файла.
Основным недостатком AltovaXML, на мой взгляд, является обработка пробелов, см. Раздел «Пробелы в документе XML» в http://manual.altova.com/AltovaXML/altovaxmlcommunity/index.html?x20_generalinformation.htm.
AltovaXML (версия для сообщества) является единственным процессором XSLT 2.0, доступным "бесплатно", который предлагает преобразование с учетом схемы, поэтому в зависимости от ваших потребностей это может быть большим плюсом для AltovaXML.
Обратите внимание, что на данный момент есть и другие процессоры XSLT 2.0, на платформе .NET у вас есть выбор между версией .NET Saxon и XQSharp, которая является чистой реализацией .NET XQuery и XSLT и, безусловно, лучше интегрируется с существующих Microsoft XML API, чем у Saxon.
IBM имеет процессор XSLT 2.0 для своего пакета WebSphere, а Intel - процессор XSLT 2.0 для своего SOAP-сервера (не уверен, находится ли он в бета-версии или в выпущенном продукте).