DEP включен для каждого процесса, поэтому вы не можете отключить DEP только для фрагмента с ошибками. Можно либо перестроить двоичный файл с фиксированным ATL, чтобы сделать двоичный файл совместимым с DEP, либо отключить DEP для всего процесса, в котором используется двоичный файл.
Более ранние версии ATL действительно имели эту проблему, и в какой-то момент она была исправлена.
Исключения DEP находятся в разделе «Мой компьютер», вкладка «Дополнительно», «Параметры производительности», «Предотвращение выполнения данных».