зависит.
sphinx - лучший показатель по всем стандартам, но 1. он быстрее, имеет более сложный синтаксис, меньше, более масштабируем, не использует myisam.
mysql более удобен в обслуживании, проще в установке, не требует другого уровня для вашего приложения, и если он достаточно хорош, вы можете использовать его.