Я не знаю, что происходит, но, возможно, ваш сервер знает. Спроси это, приятно.
Посмотрите журналы событий и фактически журналы IIS. Возможно, было более 503 ошибок, чем вы думаете, и возможно от пользователей, которые не сообщили о них. Попытайтесь сопоставить записи журнала событий с записями IIS.
Вы можете также рассмотреть возможность запуска журнала PerfMon для сбора счетчиков производительности для сервера. Начните с малого - выберите всего несколько счетчиков производительности. Если проблема возникает, и в счетчиках производительности нет ничего интересного, добавьте больше.
Наконец, рассмотрите возможность того, что сервер может говорить вам правду. Возможно, в течение некоторого периода времени нет доступных соединений или потоков.