Полагаю, вы ошибаетесь со структурой БД.В моем случае это будет похоже на следующий пример:
Структура БД:
1.) Студент: [uin, полное имя, адрес, ...]
2.) Курсы: [uin, title, ...]
3.) stud_courses: [uin, stud_uin, course_uin]
Теперь, когда пользователь выбирает соответствующих студентов для соответствующего курса, скажем 9:
1.) Допустим, список проверенных учеников: $chkStuds
2.) Sel Идентификатор курса: 9
Шаги:
1.) Удалить все предыдущие записи соответствующего курса вstud_course
mysql_query(sprintf("delete from stud_course where course_uin = %d", $selCourseUIN));
2.) Сделайте массовую вставку:
mysql_query(sprintf("insert into stud_course(stud_uin, course_uin) select uin as stud_uin, %d as course_uin from students where uin in (%s)", $selCourseUIN, implode(",", $chkStuds)))
Пусть это вам очень поможет.