Если вы используете «Взять версию сервера», это означает, что ваш файл, который до этого был только на локальном компьютере, теперь перезаписывается. Поэтому, если ваш файл не сохранен в другом месте, ваши изменения будут потеряны.
Если вы объединили только конфликтующие изменения, то другие изменения (не конфликтующие с версией сервера) по-прежнему сохраняются в вашем локальном файле.