Причина, по которой это не может быть сделано, состоит в том, что для git коммит представляет собой снимок состояния всех файлов в проекте на тот момент, и затронутые файлы позже выводятся сравнивая коммит с его родителем. (Затронутые файлы - это только те файлы, которые отличаются между ними.) Поэтому нет способа искусственно пометить путь как затронутый, потому что коммит на самом деле не хранит эту информацию напрямую.
Одна вещь, которую вы могли бы сделать, это изменить права доступа к файлу (скажем, установить или отменить групповую запись) для рассматриваемых путей - это будет зафиксировано как изменение, даже если содержимое файла одинаково. И вы всегда можете иметь два смежных коммита - один, который изменяет разрешения, а другой, чтобы изменить их обратно, - если вы не хотите, чтобы разрешения оставались измененными. Это немного грязно, но это сработает, особенно если права доступа к файлам не важны в вашем случае.