Поисковые системы будут видеть именно то, что видит браузер. Таким образом, они знают столько же о ваших включениях, сколько пользователь: Ничего.
Однако, в соответствии с вашим вопросом, ваш HTML-код ужасно недействителен , как это выглядит так:
<html>header stuff</html>
<html>page stuff</html>
<html>footer stuff</html>
Ваши шаблоны должны быть такими:
Заголовок:
<html><head>...</head><body>some common content stuff for all pages
Содержание:
some stuff for your body
сноска:
some common content stuff for all pages</body></html>