Если вы собираетесь сделать это с помощью API Java, я знаю только один способ: вы должны использовать JarInputStream или ZipInputStream, перебирать записи Zip, определять, какие записи принадлежат папке, и извлекать их, то есть читать из zip и записывать диск. Другого «магического» пути нет.
Но если вы хотите, вы можете использовать какой-то API более высокого уровня. Проверьте VFS из Джакарты: http://commons.apache.org/vfs/
Он предоставляет API, который, вероятно, делает то, что вам нужно.