Я думаю, вы наверняка сможете использовать Java для такого сравнения. Хотя это может быть сложнее интерпретировать ваши результаты. Например, может быть не самой лучшей идеей написать код, который чрезмерно использует объекты и сборщик мусора, поскольку вам будет трудно изолировать эти эффекты от необработанного времени выполнения. Затраты на запуск будут аналогичны, но в алгоритмах вы можете в конечном итоге «использовать больше Java» в одном, чем в другом (вероятно, в алгоритме Дейкстры с деревом) и, следовательно, замедлить его.