Приведенная выше таблица является чистой таблицей соединений, используемой для материализации связи ManyToMany между Employee и Project.
Сущность Employee может иметь коллекцию Projects, и / или сущность Project может иметь коллекцию Employees (т. Е. Отношение может быть однонаправленным от Employee к Project, или однонаправленным от Project к сотруднику, или двунаправленным).
Решите, какой тип ассоциации лучше соответствует вашим потребностям (в общем, двунаправленный способ облегчает жизнь). Если двунаправленный, выберите, какая сторона является владельцем ассоциации (сторона владельца имеет аннотацию @JoinTable, а другая сторона имеет атрибут mappedBy), а затем в своем методе обработки формы заполните коллекции. Сторона-владелец - это сторона, которая должна быть заполнена JPA для сохранения ассоциации.
Предположим, что владельцем является сотрудник:
employee.getProjects().clear();
employee.getProjects().addAll(projectsSelectedByAdministrator);