Это действительно зависит от вашей ситуации и причины, по которой вы не можете использовать SQL Server.
Если вы не можете использовать SQL Server из-за проблем с лицензированием (стоимость), вы можете использовать SQL Server Express для множества сценариев. У него есть ограничения, которых нет в SQL Server (размер базы данных равен единице), но он использует тот же базовый механизм, поэтому дает идеальный путь обновления, если вы решите в будущем перейти на полноценный SQL Server.
Если вы используете систему только на одном компьютере и вам нравится модель SQL Server, вы можете использовать SQL Server Compact Edition, как упоминал Ойбек. Это имеет множество ограничений по сравнению с SQL Server, поэтому путь обновления не так прост, но не слишком обременителен. Преимущество заключается в том, что он не требует установки сервера.
Существует множество других систем баз данных, с которыми может общаться .NET; слишком много, чтобы упоминать. Многие из реляционных баз данных перечислены здесь . Вы также можете рассмотреть альтернативы No-SQL.
Наконец, если вы заменяете Excel на однопользовательскую систему, вы можете даже сохранить данные в Excel с помощью VSTO. Это гораздо более сложный способ сделать что-либо, и возможности обновления практически равны нулю.
Стоит отредактировать вопрос, чтобы объяснить, каковы ваши требования и ограничения.