Да, это будет лучше всего - для этого и нужен WCF; так как он управляется через конфигурацию, вы сможете использовать различные типы привязки в соответствии со своей средой (отправка данных через).
Предполагается, что все веб-клиенты (в основном) находятся в общедоступном Интернете; нахождение в частной сети даст вам больше возможностей.
WCF может использовать очередь в качестве типа привязки, но не уверен, что это дает вам какое-либо преимущество, поскольку вы все равно собираетесь поместить их в очередь. Синхронный вызов WCF с использованием привязки http будет хорошим показателем производительности, так как сам процесс передачи его MSMQ должен быть довольно быстрым.