Можно ли каким-либо образом создать образ диска Virtual Box (.vdi), отформатированный в NTFS, и скопировать на него набор файлов, прежде чем прикреплять его к уже настроенному экземпляру в качестве второго диска с помощью VBoxManage?
Да, вам придется:
Способы выполнения, описанные в этом посте:
https://serverfault.com/questions/210684/how-do-you-mount-a-vdi-image-on-linux