Использование MongoDB $ pull для удаления определенного элемента массива из массива:
> db.mycollection.insert({user: "test", items: [1234, 5678, 91011]});
> db.mycollection.find()
{ "_id" : ObjectId("4ec3b9af8d1ae67f1fb2b30a"), "user" : "test", "items" : [ 1234, 5678, 91011 ] }
> db.mycollection.update({user: "test"}, {$pull: {items: 5678}});
> db.mycollection.find()
{ "_id" : ObjectId("4ec3b9af8d1ae67f1fb2b30a"), "items" : [ 1234, 91011 ], "user" : "test" }