то, что вам нужно сделать, это вытащить из себя голое хранилище, вот пример
на вашем хосте у вас есть два репозитория
- repository_bare.git (пустой репозиторий)
- repository_webapp (не пустой репозиторий)
в вашей локальной копии
- local_repository
1) вы нажимаете на свой local_repository и загружаете изменения на свой repository_bare.git
2) вы вытаскиваете repository_bare.git из local_repository
git pull repository_bare.git
Это объединит изменения из вашего голого в локальный репозиторий
Вот ссылка с дополнительной информацией
http://book.git -scm.com / 3_distributed_workflows.html