Я не знаю, какую реализацию автозаполнения вы используете, но если вы используете виджет автозаполнения jQuery-UI, есть обратный вызов, который вы можете поместить прямо в хеш конфигурации автозаполнения:
$( ".selector" ).autocomplete({
select: function(event, ui) { ... }
});
Если вы не используете этот виджет, тогда мой ответ не так уж и полезен, и я извиняюсь. В вашем вопросе не так много деталей.
На заметку: если вы используете самодостаточную реализацию автозаполнения, я настоятельно рекомендую вам изучить опцию jQuery-UI