Java предоставляет метод для получения координат мыши .Если ваша версия JVM не поддерживает этот метод, то вам нужно открыть дисплей X11, запустить цикл событий и прослушивать события движения мыши.
Display* dpy = XOpenDisplay(NULL);
XEvent ev;
XMaskEvent(dpy, PointerMotionMask, &ev);
Библиотека platform.jar, включенная в JNA, включаетколичество отображений и констант библиотеки X11, которые должны помочь.