Subversion не будет отслеживать файл, если вы не указали его. Это по своему замыслу, и я думаю, что это хороший дизайн: звучит более интуитивно понятно, что нужно выбрать для управления версиями (то, что нужно сделать один раз), чем отменить то, что вам не нужно (что вам, возможно, понадобится) делать на каждом коммите когда-либо).
Сказал, что вам может быть удобнее использовать инструмент с графическим интерфейсом, поскольку большинство графических клиентов позволяют добавлять и фиксировать за один шаг.