Если вы используете оригинальный файл upload.php, представленный в примерах plupload, то переименование, скорее всего, вызвано этим кодом:
// Clean the fileName for security reasons
$fileName = preg_replace('/[^\w\._]+/', '', $fileName);
Вы должны изменить этот код регулярного выражения в соответствии с вашими требованиями к именованию файлов.