Я использовал EF для крупномасштабных баз данных, но, как вы говорите, поддержка SP, которую вы получили, невелика. Это не является конкретным недостатком EF per se - ORM в целом работают по одному и тому же принципу и имеют одинаковое «ограничение».
Если у вас много SP и вы сопоставляете их с наборами данных, вам придется проделать большую работу даже без SP, чтобы больше не ссылаться на наборы данных и ссылаться на типы моделей вашего домена через систему, поэтому вам потребуется чтобы у вас был какой-то способ привязать ваших SP к вашей доменной модели и обратно.