Хорошо, поэтому я бы не советовал фильтровать дубликаты, а переопределить данные, которые вы получаете от json. Я полагаю, что вы также будете использовать данные "comune" для другого комбобокса или чего-то еще, поэтому, отфильтровывая дубликаты, единственная связь между "fiume" и "comune" будет осуществляться путем поиска по имени.
Я предлагаю вам перераспределить данные в что-то вроде
var fiume = [{"id":1,"name":"chiascio"},
{"id":2,"name":"Tevere"}];
var comune =[{"name":"Gubbio", "fiumeId":1},
{"name":"Perugia", "fiumeId":2},
{"name":"Roma", "fiumeId":2)];
Это всего лишь предложение, я думаю, что было бы легче управлять изменением выбора.