Это не связано с iScroll, оно одинаково во всех веб-приложениях в полноэкранном режиме. Может быть легко решена с помощью этого скрипта. Он минимизирован, и я не помню, где находится исходный код, но он прекрасно работает. Я полагаю, что это меняет href на onclick.
<script type="text/javascript">(function(a,b,c){if(c in b&&b[c]){var d,e=a.location,f=/^(a|html)$/i;a.addEventListener("click",function(a){d=a.target;while(!f.test(d.nodeName))d=d.parentNode;"href"in d&&(d.href.indexOf("http")||~d.href.indexOf(e.host))&&(a.preventDefault(),e.href=d.href)},!1)}})(document,window.navigator,"standalone")